تبدأ أحداث الجزء الثاني من الفيلم بعد خمس سنوات من أحداث الجزء الأول، حيث يتزوج الدكتور يحيى من لبني، ويجرى استدعاءه لقسم الحالات الخطرة، ويلتقي هناك بمن يتلاعب بحياته وحياة أسرته، ليستعين يحيى بحبوب الفيل الأزرق في محاولة منه للسيطرة على الأمور وحل الألغاز التي تواجهه.